מהתאריך 31.12.13 Oracle יפסיקו להפיץ עדכונים של MySQL 5.1.
על מנת להקל על העדכון מגרסה 5.1 לגרסאות 5.5 או 5.6, cPanel ימשיכו לתמוך בגרסה 5.1 בגרסת 11.42 של המערכת.
מגרסה 11.44 של cPanel & WHM משתמשים ידרשו להשתמש ב MySQL 5.5 ומעלה, והם מאמינים שיצאו עם גרסה זאת במאי או יוני 2014.
על מנת לעדכן את ה MySQL השתמשו בממשק "MySQL Upgrade", אשר ממוקם ב Home >> Software >> MySQL Upgrade.